在免疫功能正常的患者,以上每一階段大約需一個星期的時間。之後,病毒進入感覺或自主神經,並向上至神經節(薦前神經節)潛伏起來。導致終生感染,到目前仍無法完全治癒。 雖然導致復發的原因不明,但通常與壓力、疲累、月經、疾病、陽光曝曬、皮膚損傷、食物過敏等有關。當病毒再度活躍時,它會被釋放出來,並沿著神經根下降,返回皮膚導致復發。但復發不一定是有症狀的。在免疫機能正常且沒有投藥的情況下,復發的病程大約只要一至兩週就會痊癒。但是在免疫不全的病人,其復發的情形是更頻繁且症狀更為嚴重。 約有70%-80%的血清抗體檢驗陽性的人士,並沒有已知的生殖器疱疹病史,也就是說有將近80%的病人根本沒有症狀。而且臨床表現可以差別很大,包刮在生殖器部位出現非典型的表現,如紅斑、龜裂、疔、癤和一些脫皮的情況,或是生殖器以外的部位出現典型的病灶。故在診斷方面,主要是以病史、身體的理學檢查和實驗室檢查為主。最標準的實驗室診斷準則是分離出該病毒組織培養。此外Tzank抹片、聚合酶鏈反應(PCR)檢查、直接螢光抗原法(DFA)以及抽血檢測血清抗體都各有重要的角色。 抗病毒藥物治療方面,包括Penciclovir(Denavir)、Acyclovir(Zovirax)、Valacyclovir (Valtrex)和Famciclovir(Famvir)。分為發病期治療(episodic treatment)以及抑制療法(suppressive therapy),主要是為了避免併發症或是降低疾病復發率。世衛組織鼓勵所有醫生,採取更積極的治療,因為這樣有助於減少患者體內病毒的量,並且降低了伴侶之間的無症狀傳染。疾病的死亡率常與三個情況有關:圍產期感染、併發腦炎和免疫不全的患者。 罹患生殖器疱疹的危險因素包括:第一次性行為過早、多重性伴侶和其它性病的病史。因此:積極的公共衛生教育、更多更新的醫學諮詢品質和積極的抗病毒療法,將有助於控制生殖器疱疹的傳播。